Het WODC onderzoekt allerlei aspecten van het Nederlandse strafrechtsysteem, onder meer hoeveel mensen jaarlijks in Nederland worden veroordeeld, welke straffen ze krijgen, en hoe effectief die straffen zijn. Ook zijn er de afgelopen jaren onderzoeken geweest naar ontvluchting, tbs, langdurig toezicht en elektronische detentie.
Sinds 1998 maak het WODC ruwe berekeningen van de behoefte in de justitiële keten. De schattingen onderbouwen de jaarlijkse begroting van het ministerie van Justitie en Veiligheid. Het gaat bijvoorbeeld over hoeveel plaatsingen er mogelijk zijn in de justitiële inrichtingen of hoeveel daders een taakstraf kregen. Ook is er de WODC-Recidivemonitor, een doorlopend onderzoeksproject dat een beeld geeft van criminele carrières en de effecten van gevangenisstraffen.